Buchhaltungssoftware für Ärzte 2026:
Testsieger für die Arztpraxis
Arztpraxen haben besondere Anforderungen: Steuerbefreiung nach §4 Nr. 14 UStG, IGeL-Leistungen auf separaten Erlöskonten, KV-Abrechnung über die Praxissoftware und fast immer ein DATEV-nutzender Steuerberater. Wir zeigen, was wirklich auf die Software ankommt — und was Wettbewerber verschweigen.
Steuerrecht
§4 Nr. 14 UStG
Heilbehandlungen befreit
Buchführung
EÜR möglich
Freiberufler §18 EStG
Kontenrahmen
SKR03 / SKR81
Praxisoptimiert
Aufbewahrung
10 Jahre
Buchungsbelege §147 AO
Transparenter Vergleich
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Mehr zum Affiliate-HinweisSteuerliche Besonderheiten der Arztpraxis
Bevor wir Software empfehlen: Diese Punkte bestimmen, welche Buchhaltungsfunktionen eine Arztpraxis wirklich braucht.
Umsatzsteuerbefreiung nach §4 Nr. 14a UStG
Heilbehandlungen im Bereich der Humanmedizin sind steuerfrei — das gilt für GKV-Kassenpatienten (KV-Abrechnung) und Privatpatienten nach GOÄ. Als niedergelassener Arzt stellen Sie Rechnungen ohne Umsatzsteuer aus und geben in der Regel keine UStVA ab. Gleichzeitig können Sie keine Vorsteuer aus Betriebsausgaben (Miete, Geräte) geltend machen — dieser Trade-off muss buchhalterisch korrekt abgebildet werden.
IGeL-Leistungen: Buchhalterisch strikt trennen
Individuelle Gesundheitsleistungen (IGeL) ohne therapeutisches Ziel sowie rein ästhetische Eingriffe können umsatzsteuerpflichtig sein (19%). Ebenso: Gutachten für Versicherungen oder Gerichte, Atteste ohne Therapiebezug. Diese Einnahmen müssen auf separaten Erlöskonten erfasst werden — getrennt von steuerbefreiten Heilbehandlungen. Gute Buchhaltungssoftware erlaubt diese Kontentrennung und erstellt bei Bedarf eine UStVA für die USt-pflichtigen Leistungen.
Konkrete Beispiele: Akupunktur ohne GKV-Indikation, Reisemedizin, Check-up-Leistungen, Operationen rein kosmetischer Natur → Steuerberater konsultieren.
Keine Gewerbesteuer als Freiberufler
Niedergelassene Ärzte gelten nach §18 Abs. 1 Nr. 1 EStG als Freiberufler — sie betreiben kein Gewerbe und zahlen keine Gewerbesteuer. Das vereinfacht die Steuererklärung erheblich. Achtung: Sobald ein Arzt Leistungen erbringt, die gewerblich sind (z. B. Betrieb eines Fitnessstudios, Verkauf von Nahrungsergänzungsmitteln), entsteht Gewerbesteuerpflicht — ggf. auch Abfärbung auf die gesamte Praxis. Die Software muss keine Gewerbesteuer-Voranmeldung erzeugen.
EÜR oder Bilanz? — Kommt auf die Rechtsform an
Freiberufliche Ärzte (Einzelpraxis, GbR): Immer EÜR zulässig, unabhängig vom Umsatz (§18 EStG). Keine Buchführungspflicht nach HGB. Die freiwillige Bilanzierung kann bei Praxisverkauf oder Bankgesprächen sinnvoll sein, ist aber nicht nötig.
Arzt-GmbH, MVZ-GmbH: Doppelte Buchführung mit Bilanz und GuV zwingend (§238 HGB). Jahresabschluss mit Offenlegungspflicht im Bundesanzeiger.
Partnerschaftsgesellschaft (PartG): EÜR zulässig, solange keine Kapitalgesellschaft als Gesellschafter.
Kontenrahmen: SKR03, SKR04 oder SKR81?
Der Kontenrahmen ist das Gerüst der Buchhaltung — er legt fest, wie Einnahmen und Ausgaben kategorisiert werden. Für Arztpraxen gibt es drei relevante Optionen:
| Kontenrahmen | Für wen | Besonderheit | Software-Support |
|---|---|---|---|
| SKR03 | Einzelpraxis, GbR — am verbreitetsten | Allgemeiner Standardrahmen, von Steuerberatern bevorzugt | Alle Buchhaltungstools |
| SKR04 | Alternative zu SKR03 (seltenere Wahl) | Gleiche Struktur, andere Kontonummernlogik | Alle Buchhaltungstools |
| SKR80/81 | Größere MVZ, Kliniken, Gesundheitsverbände | Medizinspezifisch: separate Konten für GKV/PKV/IGeL-Erlöse | Nur spezialisierte Branchensoftware und DATEV |
Praxis-Empfehlung: Für die meisten Einzelpraxen und GbRs ist SKR03 die richtige Wahl — er ist bei allen Steuerberatern bekannt, von allen Buchhaltungstools unterstützt und deckt alle Arztpraxis-Anforderungen ab. BuchhaltungsButler hat SKR03 bereits praxisspezifisch voreingestellt (Erlöskonten für GKV, GOÄ, IGeL getrennt). Für SKR81 benötigen Sie in der Regel DATEV oder eine spezialisierte Branchensoftware.
Praxissoftware vs. Buchhaltungssoftware: Was macht was?
Viele Ärzte fragen, ob die vorhandene Praxissoftware (PVS) die Buchhaltung abdeckt. Die klare Antwort: Nein — beide Systeme werden benötigt. Sie haben völlig unterschiedliche Aufgaben.
| Funktion | Praxissoftware (PVS) | Buchhaltungssoftware |
|---|---|---|
| Patientenverwaltung & Dokumentation | ✓ Kernfunktion | ✗ |
| KV-Abrechnung (GKV, Quartalsdaten) | ✓ Kernfunktion | ✗ |
| GOÄ-Privatabrechnung | ✓ Kernfunktion | ✗ |
| IGeL-Rechnungen erstellen | ✓ (GOÄ-Basis) | Ergänzend möglich |
| Terminplanung | ✓ | ✗ |
| EÜR / Jahresabschluss / Bilanz | ✗ | ✓ Kernfunktion |
| Bankabgleich & Zahlungsabgleich | Rudimentär | ✓ Kernfunktion (auto) |
| KV-Zahlung als Einnahme buchen | ✗ | ✓ (automatisch erkannt) |
| DATEV-Übergabe an Steuerberater | ✗ | ✓ (Lexoffice: Echtzeit) |
| UStVA für IGeL-Leistungen | ✗ | ✓ |
| BWA (Betriebswirtschaftliche Auswertung) | ✗ | ✓ |
| GoBD-konforme Archivierung | ✗ | ✓ |
Wie es in der Praxis funktioniert: Die KV zahlt quartalsweise auf das Praxiskonto. Die Buchhaltungssoftware erkennt den Eingang automatisch beim Bankabgleich und bucht ihn als Betriebseinnahme. GOÄ-Privatrechnungen werden über die PVS erstellt — die Zahlungseingänge fließen ebenso ins Praxiskonto und werden automatisch zugeordnet. Praxis-Ausgaben (Miete, Gehälter, Verbrauchsmaterial) werden direkt in der Buchhaltungssoftware per Belegscan erfasst.
Die BWA: Monatliches Controlling-Instrument für Praxen
Die Betriebswirtschaftliche Auswertung (BWA) ist der monatliche Gesundheitscheck Ihrer Praxisfinanzen — und wird von Steuerberatern und Banken bei Praxiskrediten erwartet. Gute Buchhaltungssoftware erstellt sie automatisch aus Ihren laufenden Buchungen.
Was die BWA zeigt
- Umsatz nach Erlösart (GKV, GOÄ, IGeL)
- Personalkosten (MFA, Arztgehalt)
- Praxiskosten (Miete, Material, Geräte)
- Monatlicher Gewinn / Verlust
Wofür Sie die BWA brauchen
- Steuerberater-Gespräch (monatlich)
- Praxiskredit bei der Bank
- Praxiskauf / Praxisübergabe
- Eigene Liquiditätsplanung
Was gute Software bietet
- BWA automatisch aus Buchungen
- Export als PDF für Steuerberater
- Vergleich Vorjahr / Vormonat
- Grafische Auswertungen
Aufbewahrungsfristen in der Arztpraxis
Für Arztpraxen gelten zwei verschiedene Aufbewahrungspflichten — steuerrechtlich und berufsrechtlich. Gute Buchhaltungssoftware archiviert Belege automatisch GoBD-konform.
| Dokument | Frist | Rechtsgrundlage |
|---|---|---|
| Buchungsbelege, Kontoauszüge, Kassenbücher | 10 Jahre | §147 Abs. 1 Nr. 4 AO |
| Jahresabschlüsse, EÜR-Unterlagen | 10 Jahre | §147 Abs. 1 Nr. 1 AO |
| Geschäftsbriefe, Angebote, Bestellungen | 6 Jahre | §147 Abs. 1 Nr. 2 AO |
| Rechnungen (Ausgangsrechnungen / GOÄ) | 10 Jahre | §14b UStG |
| Patientenunterlagen / Krankenakten | 10 Jahre nach letzter Behandlung | §10 Abs. 3 MBO-Ä |
| Röntgenaufnahmen | 10 Jahre | §28 RöV |
| Betäubungsmittel-Nachweise | 3 Jahre | §13 BtMVV |
GoBD-Pflicht: Digitale Belege müssen unveränderbar, vollständig und jederzeit lesbar archiviert werden. Papierbelege dürfen gescannt und vernichtet werden — wenn die Software GoBD-konforme Archivierung garantiert (Lexoffice und BuchhaltungsButler erfüllen das). Praxissoftware allein genügt dafür nicht.
Software-Empfehlung nach Praxistyp und Fachrichtung
Einzelpraxis (Allgemeinmedizin, Internist, Facharzt)
Rechtsform
Freiberufler / Einzelunternehmer
Buchführung
EÜR — keine Bilanzpflicht
Umsatzsteuer
§4 Nr. 14a UStG — steuerbefreit (außer IGeL)
Zahnarztpraxis
Rechtsform
Freiberufler / Einzelunternehmer / GbR
Buchführung
EÜR (Freiberufler) oder Bilanz (GmbH)
Umsatzsteuer
Komplexer: Zahnersatz-Technik ggf. USt-pflichtig (§4 Nr. 14 Satz 2 UStG)
Empfehlung
Lexoffice M oder BuchhaltungsButlerTrennung USt-freier und USt-pflichtiger Leistungen, separate Erlöskonten
Physiotherapeut, Heilpraktiker, Psychotherapeut
Rechtsform
Freiberufler (§18 EStG — Heilberufe)
Buchführung
EÜR — keine Bilanzpflicht
Umsatzsteuer
§4 Nr. 14a UStG — steuerbefreit (bei Heilbehandlungen)
Gemeinschaftspraxis (mehrere Ärzte, GbR)
Rechtsform
GbR — freiberufliche Gesellschaft
Buchführung
EÜR möglich (GbR freiberuflicher Ärzte = kein Gewerbe)
Umsatzsteuer
§4 Nr. 14a UStG — befreit
Empfehlung
Lexoffice M oder BuchhaltungsButlerMehrbenutzer für alle Gesellschafter, Gewinnverteilung, DATEV
Medizinisches Versorgungszentrum (MVZ-GmbH)
Rechtsform
GmbH oder GmbH & Co. KG
Buchführung
Doppelte Buchführung zwingend (§238 HGB)
Umsatzsteuer
Gemischt — Heilkunde befreit, Managementleistungen ggf. pflichtig
Die besten Buchhaltungstools für Arztpraxen 2026
#1 Lexoffice
Empfehlung EinzelpraxisS (7,90 €/Mo) oder M (12,90 €/Mo) · Einzelpraxis, Freiberufler, EÜR
Stärken für die Praxis
- DATEV Unternehmen Online Echtzeit-Schnittstelle
- EÜR-Erstellung inkl. Anlage EÜR für ELSTER
- Automatischer Bankabgleich (KV-Zahlung erkennen)
- Belegerfassung per Smartphone-App
- Separate Erlöskonten für IGeL/USt-pflichtige Leistungen
- TÜV-geprüft, GoBD-konform
Einschränkungen
- Doppelte Buchführung erst im XL-Tarif (32,90 €/Mo)
- Kein Praxissoftware-Direktimport
#2 BuchhaltungsButler
Empfehlung MVZ & GmbHab 29 €/Monat · MVZ, Arzt-GmbH, Gemeinschaftspraxen
Stärken für die Praxis
- SKR03-Kontenrahmen für Arztpraxen voreingestellt
- KI-Automatisierung: bis 95 % Zeitersparnis bei Belegen
- Doppelte Buchführung (für MVZ/GmbH)
- eBilanz-Export (XBRL)
- DATEV-Schnittstelle
- Mehrbenutzer für Praxisteam und Steuerberater
Einschränkungen
- Teurer als Lexoffice für einfache EÜR
- Keine GOÄ-spezifischen Funktionen
#3 SevDesk
KI-BelegerkennungBuchhaltung ab 17,90 €/Mo (24M) · Praxen mit vielen Eingangsbelegen
Stärken für die Praxis
- Stärkste KI-Belegerkennung am Markt
- EÜR-Erstellung und ELSTER-Schnittstelle
- Mobile App für Belegerfassung
- Separate Buchung USt-pflichtiger Leistungen möglich
Einschränkungen
- DATEV nur CSV-Export (kein Echtzeit)
- 24M-Abo Preisfalle — auf Mindestlaufzeit achten
5 häufige Buchhaltungsfehler in Arztpraxen
IGeL-Leistungen nicht separat erfasst
Problem: USt-pflichtige IGeL-Einnahmen werden mit steuerbefreiten Heilbehandlungen vermischt — bei Betriebsprüfung nachzuversteuern.
Lösung: Separate Erlöskonten anlegen (z. B. 8400 für steuerfreie, 8200 für 19%-USt-pflichtige Leistungen).
Nur Praxissoftware für die Buchhaltung genutzt
Problem: EÜR, Bankabgleich und DATEV-Übergabe fehlen — Steuerberater muss alles manuell aufbereiten (höhere Kosten).
Lösung: Dedizierte Buchhaltungssoftware parallel zur PVS einsetzen.
Privatentnahmen nicht vom Betriebskonto getrennt
Problem: Privatentnahmen und Betriebsausgaben vermischen sich — EÜR wird fehlerhaft, Steuerberater muss aufwändig korrigieren.
Lösung: Separates Praxiskonto führen, Privatentnahmen korrekt als Entnahme buchen.
Belege nicht zeitnah erfasst
Problem: GoBD verlangt zeitnahe Buchung — fehlende Belege können bei Betriebsprüfung als Schätzungsgrundlage dienen.
Lösung: Smartphone-App der Buchhaltungssoftware nutzen — Belege direkt nach Eingang scannen.
Geringwertige Wirtschaftsgüter (GWG) falsch behandelt
Problem: Praxisausstattung unter 800 € netto kann sofort abgesetzt werden — viele Praxen schreiben sie über Jahre ab und zahlen zu viel Steuer.
Lösung: GWG-Grenze (800 € netto) kennen und im Buchungsmonat als Betriebsausgabe verbuchen.
Welche Software passt zu Ihrer Situation?
Wenn: Einzelpraxis, EÜR, DATEV-nutzender Steuerberater
→ Lexoffice M
DATEV-Echtzeit, EÜR auf Knopfdruck, automatischer Bankabgleich — ab 12,90 €/Mo.
DetailsWenn: MVZ oder Arzt-GmbH mit Bilanzierungspflicht
→ BuchhaltungsButler
Doppelte Buchführung, SKR03 voreingestellt, eBilanz-Export — ab 29 €/Mo.
DetailsWenn: Zahnarztpraxis mit USt-pflichtigen Zusatzleistungen
→ Lexoffice M oder BuchhaltungsButler
Separate Erlöskonten für USt-freie und USt-pflichtige Leistungen nötig.
DetailsWenn: Sehr viele Eingangsbelege (Labor, Material, Verbrauchsmaterial)
→ BuchhaltungsButler oder SevDesk
KI-Belegerkennung bis 95 % Zeitersparnis bei belegintensiven Praxen.
DetailsWenn: Physiotherapeut, Heilpraktiker, kleine Einzelpraxis ohne Mitarbeiter
→ Lexoffice S
Günstigster Einstieg (7,90 €/Mo) mit allen EÜR- und DATEV-Funktionen.
DetailsHäufige Fragen zur Buchhaltung in der Arztpraxis
Welche Buchhaltungssoftware ist am besten für Arztpraxen?
Für Einzelpraxen: Lexoffice M (DATEV-Echtzeit, EÜR, ab 12,90 €/Mo). Für MVZ/GmbH: BuchhaltungsButler (SKR03 voreingestellt, doppelte Buchführung, ab 29 €/Mo). Wichtig: Praxissoftware und Buchhaltungssoftware sind zwei verschiedene Systeme — beide werden benötigt.
Müssen Ärzte Umsatzsteuer zahlen?
Nein — §4 Nr. 14a UStG befreit Heilbehandlungen. IGeL-Leistungen ohne therapeutisches Ziel, ästhetische Eingriffe und Gutachten können USt-pflichtig sein und müssen auf separaten Erlöskonten erfasst werden.
Welchen Kontenrahmen sollen Arztpraxen nutzen?
SKR03 ist für die meisten Arztpraxen die richtige Wahl — er wird von allen Steuerberatern und Buchhaltungstools unterstützt. BuchhaltungsButler hat SKR03 bereits praxisspezifisch (GKV/GOÄ/IGeL getrennt) voreingestellt. SKR81 ist nur für größere MVZ und Kliniken relevant.
Wie lange müssen Ärzte Buchführungsunterlagen aufbewahren?
10 Jahre: Buchungsbelege, Kontoauszüge, Jahresabschlüsse, GOÄ-Rechnungen (§147 AO, §14b UStG). 6 Jahre: Geschäftsbriefe. 10 Jahre nach letzter Behandlung: Patientenunterlagen (§10 MBO-Ä). Gute Buchhaltungssoftware archiviert GoBD-konform automatisch.
EÜR oder Bilanz für die Arztpraxis?
Freiberufliche Ärzte (Einzelpraxis, GbR): Immer EÜR zulässig — unabhängig vom Umsatz (§18 EStG). Arzt-GmbH und MVZ-GmbH: Doppelte Buchführung mit Bilanz zwingend (§238 HGB).